| Fecha de publicación | Título | Autor(es) |
| 2007 | Aplicación de terapia sistémica en familias monoparentales | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Padilla Avila, Miriam Esperanza |
| 1996 | Aspectos psicológicos del niño con cáncer y su repercusión en la familia | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Gavelli de Moeller, Giovanna; Pacurucu Pacurucu, Ana Lucía |
| 2010 | Baja autoestima y las dificultades de aprendizaje en niños de padres migrantes del Centro Educativo Rincón del Saber | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Siguenza Arizábala, Maribel del Rocío |
| 2016 | Calidad de vida de pacientes esquizofrénicos según su percepción | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Castillo Cabrera, María Paz; Cubero Urgilés, María Belén |
| 2009 | Diseño de un plan de psicoterapia integrativa grupal aplicado a un grupo de pacientes adictos (Estudio realizdo con los pcientes en el Centro de Reposo y Adicciones de la ciudad de Cuenca C.R.A) | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Gárate Peña, Priscila; Guillén Bustamante, Ximena |
| 2022 | Empatía en Médicos del Hospital José Carrasco Arteaga Cuenca - Ecuador 2020 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Carbone Paz, Bianca Lena; Marín Dávila, Mabel Jackeline |
| 2011 | Estudio del Síndrome de Burnout, en el personal de internos(as) rotativos(as) de medicina, de la Universidad de Cuenca, que laboran en el Hospital Regional: "Vicente Corral Moscoso", periodo 2009 - 2010. | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Pulgarín Tandazo, Marcelo Vinicio |
| 2015 | Evaluar la eficacia de la entrevista motivacional en pacientes con personalidad límite consumidores de sustancias, hospitalizados en el C. R. A. | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Macancela Vázquez, Ismael Andrés |
| 2019 | Factores psicosociales-familiares en pacientes con diabetes mellitus tipo i en la Casa de la Diabetes | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Crespo Vega, Sofía; Criollo Criollo, Jessica Paola |
| 2013 | Familia y Conductas Disociales en adolescentes del Centro Educativo "Fe y Alegría", durante el periodo de Octubre 2012 a Marzo 2013 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Torres Moscoso, Amanda |
| 2007 | Fases del proceso de la terapia cognitiva conductual de Beck | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Rojas, Ligia |
| 2007 | Inteligencia emocional y teoría de lo positivo | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Tacuri Coral, Camilo Edmundo |
| 2007 | Modalidades de intervención según el modelo estructural | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Zúñiga Cobos, Patricia Andrea |
| 2010 | Plan terapéutico para eliminar el mutismo selectivo en una niña de nueve años | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; García Ampudia, María Isabel |
| 2019 | Prevalencia de abuso y dependencia de alcohol y sustancias psicoactivas no alcohólicas de las parroquias rurales de Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; León Rodríguez, Sandra Nathalie; Minchala Carmona, Andrea Paola |
| 2016 | Prevalencia de acoso escolar (bullying) en los colegios urbanos de la ciudad de Cuenca, 2013-2014 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Palacios Palacios, Iván Fernando; Sánchez Rubio, Juan Pablo |
| 2016 | Prevalencia de Depresión y Factores Asociados en Estudiantes Universitarios de la Ciudad de Cuenca-Ecuador | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Burca, Nora; Carrasco Agredo, Paola Andrea |
| 2019 | Prevalencia de los trastornos fóbicos en la población rural de Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Guncay Morocho, Tania Patricia; Manzo Toapanta, Verónica Lizbeth |
| 2019 | Prevalencia de Trastorno de Ansiedad Generalizada en la población rural del cantón Cuenca 2018 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Cárdenas Fernández, María Monserrath |
| 2016 | “Prevalencia del desajuste emocional en personas con infertilidad de Cuenca” Febrero – Julio 2016 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Baculima Arpi, Paul Xavier |
| 2017 | Prevalencia del Síndrome de Burnout en el personal sanitario del distrito 01D02 del Ministerio de Salud Pública del Ecuador en el año 2016 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Villamagua Arias, Norman Andrés; Vintimilla Izquierdo, Andrés Mateo |
| 2019 | Prevalencia del Trastorno Bipolar y factores asociados en las parroquias rurales del cantón Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Idrovo Idrovo, Carla Alexandra |
| 2019 | Prevalencia del trastorno de estrés postraumático en la población rural del cantón Cuenca 2018 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Serrano Pesántez, María Dolores; Ugalde Monsalve, Roxana Patricia |
| 2019 | Prevalencia del trastorno de pánico en la población rural del cantón Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Díaz Vallejo, Briseida Mónica |
| 2019 | Prevalencia del Trastorno Obsesivo Compulsivo en la población rural de cantón Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Mendoza Alvear, Andrea Elizabeth |
| 2010 | Propuesta de tratamiento para el consumo de sustancias en una madre adolecente de 17 años en el Centro Femenino para Adicciones "Mujer Libre", en la ciudad de Cuenca - Ecuador | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Aguirre Ponce, Irene |
| 2010 | Propuesta de tratamiento para una adolescente de 18 años víctima de abuso sexual, del Centro Femenino de Adicciones "Mujer Libre" | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Lima, Karina |
| 2010 | Propuesta terapéutica en un caso de trastorno de ansiedad con crisis de pánico basados en la terapia cognitivo conductual | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Cordero Almache, Andrea Patricia |
| 2012 | Proyecto de intervención terapéutica en adolescentes con depresión y ansiedad desde el modelo cognitivo conductual. (Estudio a realizarse con los adolescentes de la Fundación "La Esperanza" en el periodo enero a mayo2012) | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Calle Samaniego, Diego Eduardo; Cabrera Castillo, Patricia Elizabeth |
| 2007 | Psicología de lo positivo y resilencia | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Balarezo Quintero, María Gabriela |
| 2006 | Psicoprofilaxis quirúrgica en niños | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Castillo Ronquillo, Marcela Marivel |
| 2009 | Psicoprofilaxis quirúrgica en niños, trabajo realizado en el Hospital Regional "Vicente Corral Moscoso" con niños de 7 a 12 años de edad intervenidos en cirugía programada de ortopedia y traumatología durante los meses de noviembre 2008 a marzo de 2009 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Crespo Bojorque, Paola Fernanda; Vásquez Castro, Sonia Viviana |
| 2019 | Salud mental de la población inmigrantes en Cuenca | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Metellus, Nerlande |
| 2020 | Sintomatología clínica asociada al Burnout en la empresa Comercial Salvador Pacheco Mora S.A | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Castro Hermida, María Emilia |
| 2006 | Síndrome de Burnout | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Guzmán Guillén, Michelle Priscila |
| 2006 | Sobreadaptacion y enfermedad psicosomática | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Hidalgo Alvarado, María del Carmen |
| 2010 | Terapia Integrativa en el Trastorno de Ansiedad de Separación: (Caso Clínico en una niña de 3 años) | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Hidalgo Nickel, Amanita Torcasa |
| 2007 | Trastornos de la conducta alimenticia desde el punto de vista sistémico | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Coronel Peñaherrera, María Fernanda |
| 2007 | Violencia intrafamiliar propuesta de un modelo de atención en crisis en mujeres atendidas en la Casa de Acogida María Amor: estudio realizado en Cuenca en el período Octubre 2006 septiembre 2007 | Aguilera Muñoz, Juan Fernando; Acurio Torres, Gabriela |
